Запятая перед союзным словом как нужна, так как в каждом случае оно вводит придаточное изъяснительное предложение: 1) понимание, как строятся новые модели; 2) знания, как создать новую последовательность. 

Вы правы, это краткое причастие, а краткие причастия пишутся раздельно с отрицанием не.

В данном случае используется тире в функции соединения, при нем ставятся пробелы: Петроград — Ленинград — Санкт-Петербург. 

В этом предложении парные тире выделяют вставную конструкцию. 

Верно с запятыми, выделяющими придаточную часть внутри главной: Вопрос, стоит ли принимать витамин D для профилактики и лечения ОРВИ, с наступлением холодов становится всё более актуальным.

Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Правда, поскольку предложение сильно распространенное, прочитать его без паузы невозможно, поэтому в данном случае тире нужно поставить: Героизм и подвиг всех защитников нашей Родины во время Великой Отечественной войны через жизнь и подвиги преподавателей Казанского университета — глазами и словами детей. 

Поясняющее приложение может быть отделено с помощью запятой или тире: 1) Речь идёт об Иосифе Кауфмане и его племяннике, писателе Борисе Пастернаке; 2) Речь идёт об Иосифе Кауфмане и его племяннике — писателе Борисе Пастернаке.

Ваши рассуждения справедливы. Заметим лишь, что в данном случае прямая речь играет роль приложения при слове фраза, поэтому двоеточие перед ней не ставится; представляется также избыточным восклицательный знак в конце прямой речи. Рекомендуемый вариант: Раньше я не думала, что фраза «Хотеть не вредно», так часто повторяемая родителями, имеет такое противоречивое значение.

Запятая нужна, так как Больше, чем ты думаешь — сложноподчиненное предложение.

В данном случае слово всё употреблено в функции частицы, включать его в состав сказуемого нет оснований.