Эти предложения одинаковы с точки зрения синтаксической структуры.

На наш взгляд, нет совершенно никаких оснований снижать за это оценку. В русской языковой картине мира помидор и баклажан, безусловно, овощи. В сочинении на ЕГЭ по русскому языку вряд ли проверяется знание строгой ботанической терминологии. 

Негативные (содержащие отрицательный показатель) вопросы сложнее для восприятия, чем их позитивные аналоги. В норме ответ да на вопрос Ты не приедешь? должен означать подтверждение (да, не приеду), однако в действительности, как показывают лингвистические эксперименты, в ряде случаев (хотя и не слишком значительном) да используется в значении «утвердительного опровержения» (да, приеду). Так же и ответ нет может означать как подтверждение (нет, не приеду), так и (с равной долей вероятности) отрицание (нет, приеду). 

Да, это допустимымый вариант, однако он считается устаревающим. 

Нет, запятая нужна: Голый, я пытаюсь понять, что бы ещё с себя снять, чтобы было не так жарко. Нераспространенные определения, относящиеся к личным местоимениям, обособляются. В примечании говорится о необособлении таких определений, которые являются смысловым центром высказывания. В Вашем предложении иная ситуация: (Даже уже будучи голым), я пытаюсь понять...

Правильно: Завод подарил городу еще одно граффито с изображением («)металлурга будущего(»). Кавычки факультативны, их постановка зависит от контекста.

Корректно: у Два-Топора. 

Правильно: Можете быть уверены: на новом месте мы будем уважаемыми людьми и нам все будут подчиняться. Это предложение с разными видами связи: бессоюзной и сочинительной. Вы правы: запятая перед второй частью сложносочиненного предложения не нужна, поскольку оба они объединены общим обстоятельством на новом месте.

Вопросы, на которые Вы ссылаетесь, касаются разных позиций постановки запятой: в первом из них идет речь о запятой перед проиозводным предлогом начиная с, в втором — о запятой перед союзом и в сочетании и заканчивая. В Вашем предложении также рекомендуем использовать оборот начиная с... и заканчивая...: ...необходимые данные хранятся в разных местах, начиная с корпоративного портала и заканчивая рабочими столами.

И в причастии, и в соотносительном с ним прилагательном прожженный пишется две н. В этом случае решающий фактор — совершенный вид глагола прожечь, от которого образовано слово (см. пункт 2а параграфа 98 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).