Запятая нужна.
Корректно дефисное написание: аgile-подход, аgile-методология.
Это название нельзя в настоящее время отнести к числу освоенных русским языком, поэтому об окончательном написании говорить пока рано. Однако следует принять во внимание, что испанский этимон представляет собой раздельно пишущееся словосочетание и в русскоязычном интернет-узусе встречается именно такое написание, см. в Википедии:
Олья подрида (исп. olla podrida, букв. — «гнилой горшок»).
Так что оснований для употребления дефиса пока не наблюдается.
Сочетание составлено и написано верно.
Да, эти слова - однокоренные. Ср.: вОдит.
Можно, но стилистически такая фраза неудачна.
Верно: с льготным, со сроками.
Да, это написание корректно.
Правильный вариант: предусмотренных настоящим договором.
Такие предложения допускают двоякую трактовку.
Первая: занятие — подлежащее, рыбачить — сказуемое. Такое чтение опирается на порядок слов, который отражает смысловое развертывание (тема воспринимается как подлежащее, рема — как сказуемое).
Вторая: противоположная. Дело в том, что грамматическим признаком именного сказуемого является его способность принимать форму не только именительного, но и творительного падежа. Именно эту способность демонстрирует занятие: Моим любимым занятием было рыбачить по утрам.
Тот факт, что в теме предложения при этом оказывается не подлежащее, а сказуемое, нисколько не противоречит всему, что мы знаем об актуальном членении предложения: в теме может оказаться что угодно.
Первую, преимущественно коммуникативную, трактовку можно рекомендовать для знакомства с предложением на элементарном уровне; вторую же, преимущественно грамматическую, — для тех, кому не лень разбираться в тонкостях.
