Правильно: ...сторожка, которую мне хотелось во что бы то ни стало разыскать, оказалась...

Хотелось бы видеть предложение целиком, покольку на первый взгляд кажется, что разумнее вообще обойтись без слова препарат.  

Глагол избежать требует формы родительного падежа (не винительного!). Поэтому вне зависимости от одушевленности или неодушевленности существительного верно: ...которых хотелось бы избежать.

Какой грустный вопрос Вы задаете! Оба сочетания, увы, возможны. Первое подчеркивает неестественность, насильственность смерти. Сочетания погиб от [название болезни] в литературе встречаются. Хотелось бы, чтобы сейчас они не стали частотными.

"Правильного" варианта нет, именно потому, что слова нет в словарях. Ориентируйтесь на тот вариант, который более употребителен.

Вот что об этом говорится в справочнике "Правила русской орфографии и пунктуации".

Скобки графически варьируются: круглые (), фигурные {}, квадратные [], угловые < >. Наиболее распространены круглые скобки; фигурные скобки употребляются только в специальных текстах (например, математических). Квадратные скобки применяются для авторского пояснения отдельных слов в цитируемом тексте: Он [Блок] первым открыл талант Есенина, первым услышал «песни души» рязанского поэта (Ю. Прокушев).

Квадратные скобки могут сочетаться с круглыми в условиях двойного выделения (квадратные скобки — для внешнего выделения, круглые — для внутреннего выделения): Виргинские острова, группа мелких о-вов в Вест-Индии. Владение Великобритании [153,4 км, нас. 13 т. ч. (1984); адм. ц. — Род-Таун] и США [344 км², 101 т. ч. (1984); адм. ц. — Шарлотта-Амалия] (БЭС. М., 1991).

Угловые скобки применяются для восстановления сокращенных слов в цитируемом тексте. Напр., автор, цитирующий или издающий текст А. Ахматовой, восстанавливает сокращенные ею части слов: Экземпляр «Жатвы», кот<орый> Вы мне дали, я отдала, как Вы просили, Щеглову, пот<ому > что в тот же день получила свой (А. Ахматова. Письмо Г. И. Чулкову).

Эти высказывания синонимичны.

Да, правильно: суперъяхты. После приставок, оканчивающихся на согласный (в том числе приставок иноязычного происхождения), перед буквами я, ю, ё, е пишется разделительный твердый знак.

Мы отвечаем на вопросы.

Точка ставится после каждой цифры:
1.1.
3.1.12.
См.: Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора. М., 2003.

Запятые нужны в обоих указанных случаях.