Знак ударения над словом что традиционно используется, чтобы показать: перед нами относительное местоимение что (на которое падает логическое ударение), а не союз что, который просто присоединяет придаточное предложение. Ср.: Я не знал, что он мне ответит (=не знал, что ответ последует). Я не знал, что́ он мне ответит (=не знал, каким будет ответ; ударение на что).
Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно.
Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический,
В этом случае перед нами уже не сравнительный оборот, а неполная по структуре придаточная часть с пропущенными сказуемыми, восстанавливаемыми из главной части: Рассматривал и анализировал тела клиентов, как художник [рассматривает и анализирует] картины. В такого рода неполных предложениях на месте пропущенного члена ставится тире, если в месте пропуска делается пауза, и не ставится при отсутствии паузы.
Сочетание как пить дать пишется раздельно.
Заметим, что обычно это сочетание вызывает не орфографические затруднения, а пунктуационные: как пить дать доломают или как пить дать, доломают? Поэтому оно есть в словнике нашего «Справочника по пунктуации». И ответим на сформулированный нами же вопрос: сочетание как пить дать, как правило, не отделяется запятой от последующего глагола, поэтому предпочтительно: как пить дать доломают.
Правило, на которое Вы ссылаетесь, следует признать неполным. Написание ранее не судимый корректно и закономерно преобладает в практике письма. Наречие времени так же, как и существительное в тв. падеже со значением деятеля, актуализирует глагольные признаки слова, значит перед нами причастие, которое с не нужно писать раздельно. В орфографических словарях сочетание ранее не судимый не приводится, над дополнением правил об отрицании орфографисты работают.
Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же).
Варианты Ты, что, заболел? и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными.
Не пишется раздельно, потому что в данном случае отрицается понятие, а не создается новое. Мы легко можем подставить слова, усиливающие отрицание: отнюдь не голодна, вовсе не голодна, но совершенно неестественной была бы подстановка слов, подчеркивающих утверждение (очень, крайне, весьма, чрезвычайно, в высшей степени и др.): *она в высшей степени неголодна (?) Это говорит о том, что перед нами отрицание признака, поэтому нужно писать раздельно.
