Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

Действительно, в данном случае деепричастный оборот не отходя от стола, являясь обстоятельством образа действия, тесно связан со сказуемым, образует смысловой центр высказывания и потому не требует обособления. 

Набережная — это берег, укрепленный стенкой из бетона, камня, дерева, а также улица, идущая вдоль берега. Ограничения по сочетаемости для этого слова не указаны, поэтому сочетание набережная пруда вполне корректно.

Приглашаем водителей – винительный падеж. Он совпадает с родительным, т. к. водители – одушевленное существительное (у неодушевленных существительных винительный падеж во множественном числе совпадает с именительным). Возможно, учительница это имела в виду?

Корректно: Милины. Орфографический вариант суффикса притяжательных прилагательных прилагательных -ын- пишется только после ц. В остальных случаях пишется -ин- или (после т, р, ж) -нин-. Ср.: Валя — Валин, Никола — Николин, Людмила —  Людмилин. 

Фраза обе столешницы корректна. Слово столешница в русском языке является существительным женского рода, а числительное обе употребляется именно с существительными женского рода в форме именительного падежа множественного числа. Ср.: оба стола. 

Предложение, действительно, следует исправить. Но поскольку речь идет о бокалах, то лучше писать о сервировке стола. Сказать, что бокалы могут быть частью обстановки или убранства комнаты (гостиной или столовой), можно с большой натяжкой.