Чтобы узнать ответ на этот вопрос, Вам придется самостоятельно проштудировать работы названных ученых. Или хотя бы учебник по синтаксису. 

Дело в том, что по законам русской орфографии твердость/мягкость парного согласного перед гласным [э] в иноязычных словах не передается: е пишется и после твердых, и после мягких согласных, напр.: темп [т] – температура [т’], э пишется после твердых в ограниченном круге слов, напр.: блэкаут, мэр, нэцке, пленэр, пэр, рэкет, сэндвич, сэр, тхэквондо, фэнтези, фэншуй. 

О том, как осваиваются языком заимствованные слова и как это влияет на кодификацию, пишет член Орфографической комиссии РАН О. Е. Иванова в орфографическом комментарии к словарной фиксации кешбэк: «Иностранные слова входят в наш язык как чужие, со своими фонетическими особенностями, но постепенно, очень постепенно русский язык их осваивает, приучает к нашей «системе ценностей». На фонетическом уровне процесс освоения выражается, в частности, в смягчении изначально твердого согласного перед звуком [э]: ведь в нашей фонетической системе в русских словах перед звуком [э] произносится мягкий согласный и поэтому пишется буква е (белый, дело, мелкий), при этом существуют лишь единичные исключения из этого фонетического правила (к ним относятся названия букв бэ, вэ, гэ, дэ… и производные от них слова, например бэшки ʻученики класса Бʼ), в которых твердый согласный логично передается последующей гласной буквой э, а не е. <...> Лингвисты учитывают ход исторического процесса на материале многих однотипных слов, наблюдают изменения в их произношении условно ʻвчераʼ и ʻсегодняʼ и решают: в словаре следует дать такое написание, которое не помешает процессу обрусения, то есть в нашем случае это кеш – его можно произносить и [к]еш, и [кʼ]еш. В противном случае – если зафиксировать кэш, то закрепляется твёрдое произношение согласного в этом слове. И вообще, целесообразнее «склонять» слово присоединиться к правилу, а не к исключениям».

Запятые нужны. Наименования ученых степеней и ученых званий, почетные звания выступают как однородные приложения. См. Розенталь Д. Э. «Справочник по русскому языку. Пунктуация».

Такое употребление сейчас встречается, но оно не закреплено правилам и функционально в официальных документах не оправданно.

Слово глава в значении 'руководитель' может употребляться и как существительное мужского рода, и как существительное женского рода. Сочетание избранная глава – корректно.

Тире факультативно.

Да, именно так.

Возможны варианты: «Магазин «Москва», «Магазин "Москва"».

Потому что такова современная орфоэпическая норма, которая основывается в том числе (хотя не только) и на распространенности того или иного произносительного варианта. Обратите внимание на фиксацию в словарях: [т’и^е]рмоядерный и допуст. [тə]рмоядерный.  

Запятая не нужна: узнать где, спросить когда, выяснить почему. Запятая не ставится, если придаточное предложение состоит из одного только союзного слова.