Согласование по смыслу вполне допустимо в текстах, не принадлежащих к официально-деловому стилю. Включение в предложение имени собственного (например: врач-терапевт Михайлова уточнила) сделает такое употребление абсолютно корректным.

Корректно: подындикатор.

После приставок, оканчивающихся на согласную, вместо и пишется ы в соответствии с произношением, например: играть — подыграть, разыграть, сыграть; искать — отыскать, подыскать, разыскать; идейный — безыдейный; индукционный — безындукционный; интегральный — подынтегральный; исторический — предысторический; июльский — предыюльский.

Примечание 1. Данное правило не распространяется на сложносокращенные слова, например: пединститут, Госкомимущество, спортинвентарь.

Примечание 2. В слове взимать пишется и согласно произношению.

Примечание 3. После приставок меж- и сверх- сохраняется и, так как по общему правилу после шипящих и заднеязычных не пишется ы. Например: межинститутские соревнования, сверхизысканный, сверхиндустриализация. Также: двухимпульсный и т. п.

Примечание 4. Сохраняется и после иноязычных приставок и частиц дез-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс-, пан-. Например: дезинформация, контригра, постимпрессионизм, субинспектор, суперинтендант, трансиорданский, панисламизм.

Корректно: в связи с вступлением в силу изменений в постановлении Правительства РФ.

Корректны варианты: Как будто ты измученным и голодным пришёл в дом, где все живут сыто и богато; Как будто измученный и голодный ты пришёл в дом, где все живут сыто и богато.

Не обособляются определения при личном местоимении:

1) если определение по смыслу связано не только с подлежащим-местоимением, но и со сказуемым: Я сидел погружённый в глубокую задумчивость (П.); Мы расходились довольные своим вечером (Л.); Он выходит из задних комнат уже окончательно расстроенный (Гонч.); Я прихожу к вечеру усталый, голодный (М. Г.); До шалаша мы добежали промокшие насквозь (Пауст.);

2) если определение стоит в форме винительного падежа (такая конструкция, с оттенком устарелости, может быть заменена современной конструкцией с формой творительного падежа): Я нашёл его готового пуститься в дорогу (П.) (ср.: …нашёл готовым…); И потом он видел его лежащего на жёсткой постели в доме бедного соседа (Л.);

3) если определение не согласовано с местоимением в падеже: Я вижу его склонившимся над чертёжной доской — двойная связь: с глаголом-сказуемым вижу склонившимся и с местоимением — согласование в роде и числе;

4) в восклицательных предложениях типа Ах ты глупенький!; О я несчастный!

Вы совершенно правы. Запятая не нужна, так как это цельное по смыслу выражение. Местоимение кто сочетается только с глаголами в форме единственного числа.

Корректно: интернет-сайт организации и сайт организации в сети Интернет.

Корректно: При этом время работы двигателя не должно превышать 3 минут для ТС с бензиновыми двигателями и 5 минут для ТС с дизельными двигателями...

Мы не выполняем домашние задания.

Возможны варианты:
1) Она сказала: «Да» (Да — нечленимое предложение, которым исчерпывается прямая речь);
2) Она сказала «да» (да — слово, встретившееся в речи);
3) Она сказала: да (передается общее содержание речи; согласие может быть выражено разными средствами).

Это разные значения, и они приведены в словарях. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова у сочетания иметь в виду зафиксированы три значения: 1) подразумевать кого-либо, что-либо, 2) принимать во внимание, учитывать, 3) иметь намерение.