Запятые поставлены правильно. Между однородными членами предложения, соединенными повторяющимся союзом И, ставится запятая.

Запятая нужна: кто вы — придаточное предложение (изъяснительное), зависящее от слова понять. Здесь действуют правила постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении.

Здесь корректно (если вообще требуется местоимение): над собой.

Поясняющее приложение одна из достопримечательностей Новосибирской области нужно выделить с двух сторон запятыми или тире.

Можно поставить любой из этих знаков.

1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

Это сложноподчиненное предложение с подчинительным союзом времени чуть, который синонимичен союзам как только, едва только. В первой части грамматическая основа — выйдешь (это односоставное предложение; обобщенно-личное либо определенно-личное — в зависимости от более широкого контекста), во второй — терминологическое сочетание зеленый массив (эта часть представляет собой либо номинативное предложение, либо, в другой трактовке, эллиптическое предложение, восстанавливаемое примерно как сейчас же перед тобой возникнет зеленый массив). Заметим, что, поскольку придаточная часть предшествует главной, между частями предлложения можно поставить тире вместо запятой: Чуть выйдешь за калитку — сейчас же зеленый массив!