Здесь есть важное примечание, на которое необходимо обратить внимание: при определении спряжения (а следовательно, и при выборе гласной в окончании глагола) нужно обязательно убрать приставку вы-, перетягивающую на себя ударение. Получаем глагол горИт с ударным окончанием. По ударному окончанию определяем спряжение - второе. На гласную в инфинитиве не обращаем ни малейшего внимания.

Нужно сказать, что такую ошибку допускают почти все школьники.

Да, проверка словом ворон возможна. Но в методических целях проверяемые слова иногда включают в списки словарных слов. Это может быть сделано, чтобы обратить особое внимание на трудные слова, на слова определенной модели, с каким-то общим элементом (например, с сочетанием оро).

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Слово окрас используется по отношению к животным и птицам и не может заменить слово окраска. В Ваших примерах следует использовать слово окраска.

Насколько мы можем судить, терминологическое выражение прямая видимость широко использовалось в научных текстах уже в середине ХХ столетия. Согласно ГОСТам (например, ГОСТ Р ИСО 5006-2010 "Машины землеройные. Поле обзора оператора. Метод испытания и критерии функционирования") прямая видимость (direct visibility) — это видимость по прямой линии взгляда, определяемая светом от источника света. Вполне вероятно, что термин возник в результате калькирования англоязычного выражения (однако эта гипотеза требует проверки). В качестве антонима известен термин непрямая видимость (indirect visibility) — видимость через зеркало или другое визуальное устройство (например, телевизор, работающий в закрытой схеме TV (CCTV).

Запятая не нужна.

Запятая перед и поэтому нужна, она ставится между частями сложного предложения.

Возможно согласование и в единственном, и во множественном числе.