Согласно справчнику Д. Э. Розенталя, «обычно в этих случаях именительный падеж указывает на устойчивый признак предмета, на постоянно присущую ему качественную характеристику, а творительный падеж указывает на временный признак». То есть в данном случае предпочтительно: Людмила Васильевна была не просто учителем, но и исследователем, инженером, психологом, публицистом.
Однако это разграничение не всегда последовательно, и первый вариант также нельзя назвать полностью ошибочным.
Вряд ли Вы найдете готовые ответы на все подобные вопросы. В школьной практике, например, одной из самых распространенных орфографических ошибок считается употребление буквы Ь в формах глаголов третьего лица ед. числа (правда, официальной статистики на этот счет нет). В печати ситуация, видимо, иная. Возможно, какие-то полезные статистические сведения получится найти в кандидатских и докторских диссертациях, посвященных правильности речи и правописанию.
В приведенных примерах отсутствие кавычек оправданно. Обычно не выделяется кавычками прямая речь, если нет точного указания, кому она принадлежит (это Ваш первый пример); если она приводится в таком виде, который может иметь и косвенная речь с этим же лексическим составом. При этом слова, указывающие на источник сообщения, в периодической печати могут выделяться одними запятыми, без тире (как в последнем Вашем примере).
Такое оформление характерно именно для энциклопедических статей: заголовочное слово (в роли которого выступает в данном случае фамилия) отделяется запятой от всего последующего текста. Правда, чаще в биографических статьях запятая ставится не после фамилии, а после указания фамилии, имени, отчества человека и дат рождения и смерти, например: ЛЕРМОНТОВ Михаил Юрьевич (1814-1841), русский поэт. Но и приведенный Вами вариант (с запятой после фамилии) тоже возможен.
Форма отчества зависит от того, на какой слог падает ударение в имени Мустафа. Если ударение падает на последний слог (Мустафа), отчество образуется посредством присоединения суффикса -евич к полной форме имени: Мустафа – Мустафаевич. Если же в имени Мустафа ударение падает на первый или второй слог (т. е. конечный -а безударный), отчество образуется посредством присоединения суффикса -ович, а конечный гласный опускается: Мустафович.
Оба варианта допустимы, но следует иметь в виду их смысловые различия. В первом случае, как представляется, описывается гипотетическое, потенциальное развитие событий (если еще и сказуемое выражено сочетанием с глаголом могут), а во втором — описание объективировано, представляет ситуацию как реальную, что прежде всего объясняется присутствием слова реализация. Впрочем, более широкий контекст может вносить уточнения и в первый, и во второй вариант.
В данном случае пунктуация вариативна. Автор может сделать акцент на сочетании как птица, в этом случае синонимичном наречию по-птичьи (см. пункт г) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), а может поставить на первый план призыв летать (сравним вариант с парцелляцией: Летай! Как птица!), и тогда сочетание как птица окажется обычным сравнительным оборотом, обозначающим уподобление.
Правило, на которое Вы ссылаетесь, следует признать неполным. Написание ранее не судимый корректно и закономерно преобладает в практике письма. Наречие времени так же, как и существительное в тв. падеже со значением деятеля, актуализирует глагольные признаки слова, значит перед нами причастие, которое с не нужно писать раздельно. В орфографических словарях сочетание ранее не судимый не приводится, над дополнением правил об отрицании орфографисты работают.
Порядок слов в названиях улиц, переулков и под. может варьироваться в некотрых пределах. В тексте следует соблюдать прямой порядок: 1-й переулок Пушкина или Первый переулок Пушкина. В списке (например, в словаре, реестре, то есть там, где предполагается поиск по алфавиту) на первое место выносится основной компонент названия: Пушкина 1-й переулок. Образцовый словарный порядок можно найти в «Словаре улиц Москвы».
