Корректно: рубленый, на студеном ключе колодец. Полагаем, что на студеном ключе не является зависимым словом к отглагольному определению.

Правило выбора падежа просто: прямое дополнение ставится в форму винительного падежа при отсутствии отрицания (...что делает каждый), а в случае, если при глаголе, управляющем прямым дополнением, имеется отрицание, винительный падеж заменяется родительным. Именно так и сделано в предложении, которое фигурирует в вопросе.

В приведенных предложениях слово плюс является эквивалентом соединительного союза. В некоторых пособиях указывается, что это слово может быть существительным, союзом и предлогом. Запятую перед соединительным союзом, равно как и перед его эквивалентом, ставить не нужно.

Нормативными словарями такое слово пока что не зафиксировано, поэтому нельзя признать ошибочным ни один из вариантов его написания. Однако мы бы рекомендовали слитное написание, так как с точки зрения русского языка в этом слове не выделяется ни одной самостоятельно употребляющейся части.

Лучше руководствоваться правилом согласования форм сказуемых. Или Я знал, что если упущу этот шанс, то следующего придется ждать очень долго, или Я знал, что если бы я упустил этот шанс, то следующего пришлось бы ждать очень долго.

При собственно морфемном анализе в слове смерть приставка с- выделяется (см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

Этимологически слово смерть восходит к общеславянскому sъmъrtь, образованному с помощью приставки съ- в значении ‘хороший’ от индоевропейского корня мьрть (‘смерть’).

В «Школьном этимологическом словаре русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой указывается буквальное значение этого слова: «‘хорошая, естественная, своя смерть’ (ср. умереть своей смертью). Приставка съ- в этом значении родственна местоимению свой: хорошо, так сказать, то, что свое».

Поскольку в современном русском языке нет приставки с- с таким значением, при синхроническом словообразовательном анализе, в отличие от морфемного, слово смерть считается непроизводным с корнем смерть.

Запятая не поставлена, очевидно, потому, что автор счел обстоятельство в это время относящимся к обеим частям сложносочиненного предложения.

Вы оформили предложение верно, только точку следует ставить после кавычек.

Корректны оба варианта написания.

Нормативными словарями это слово пока что не зафиксировано, однако, на наш взгляд, корректно дефисное написание: ред-флаг.