Орфографическими словарями не предусмотрено написание слова лицей с прописной буквы в значении 'Царскосельский лицей', поэтому корректно написание со строчной.
Если в художественной литературе приводится письмо, то почему бы и нет. Уместность той или иной формы в художественном тексте определяется исключительно художественными задачами. Так что этот вопрос исключительно в компетенции автора текста.
Подстрочные примечания применяются в тех случаях, когда необходимо дать важные текстологические комментарии (без которых читателю будет трудно понять смысл текста), когда необходимо перевести иноязычное слово и дать какие-либо иные пояснения к тексту.
Такой знак выделять полужирным не нужно: знаки препинания на стыке выделенного текста с невыделенным внутри фразы не выделяют, если они относятся в равной степени и к выделенному, и к невыделенному предшествующему и последующему тексту.
Действительно, в специальных текстах принято писать названия языков программирования с прописной буквы. Это традиция употребления. При этом в качестве нормативного в «Русском орфографическом словаре» РАН зафиксировано написание со строчной буквы. Выбор варианта может быть обусловлен стилистикой текста.
Справочник А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой допускает разные виды выделения небольшого количества текста на письме: курсивом, полужирным, прописными буквами. Однако «наиболее широко применяется светлый курсив (для скрытых в тексте рубрик, логических усилений, мнемических справочных выделений, небольших по объему структурных выделений)».
Многое зависит от типа и адресата текста. Например, кавычки уместны, если эти разговорные названия используются в нейтральном стиле (кавычки как раз покажут принадлежность слова другому стилю) или если названия использованы в тексте, который адресован читателям, незнакомым с этими разговорными названиями вузов.
Да, кавычки уместны, они помогут обратить внимание адресата текста на необычное употребление слова. Кавычки можно не ставить в тексте для подготовленного читателя (например, в издании для автолюбителей), если нет сомнений в том, что смысл сочетания будет понятен читателю и без кавычек.
Полный текст статьи О. Б. Сиротининой размещен здесь.
Правильно: со штаб-квартирой.
