Присоединительную конструкцию в конце предложения лучше отделить тире: Ещё две лежали по сторонам — одна с игрушкой, вторая с телефоном без чехла. Обратите внимание, что в строгой литературной речи в контекстах, в которых речь идет о лицах женского пола, используются количественные, а не собирательные числительные.

Обособление не требуется, так как в контексте союз как имеет значение «в качестве».

В предложении Поезда Москва — Петропавловск-Камчатский не существует тире употреблено в функции соединения. Обратите внимание, что кавычки для обозначения маршрута поезда не нужны.

Запятые не обязательны, но допустимы.

Запятая не нужна.

Знаки препинания внутри этого предложения не требуются.

Формулировка в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя такова: «Если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится)». В соответствии с ней в предложении действительно должна быть только одна запятая: Я его уж и не считала, сколько смотрела. Следует, однако, обратить внимание на слово обычно в формулировке правила, снимающее его категоричность.

Корректно: Закончив с одним делом, он взял в рот сигарету — и в тот миг, когда хотел зажечь спичку, внезапно упал лицом вниз и умер. Знак препинания перед союзом и не требуется, но предлагаем поставить тире для подчеркивания значения внезапности.

Всё зависит от того, какова структура предложения, фрагмент которого приведен. Сравним: 1) Научный руководитель — И. И. Иванов, доктор филологических наук, профессор кафедры русского языка (тире между подлежащим и сказуемым-существительным); 2) Научный руководитель И. И. Иванов, доктор филологических наук, профессор кафедры русского языка, заявил... (приложение, стоящее перед именем собственным, не отделяется от него знаками препинания).

Верно: Натуральные компоненты, например мед или экстракты трав, могут вызвать аллергию. В этом предложении обособляется присоединительная конструкция. Вводное слово в начале обособленного оборота не отделяется от него запятой.