Верно: нижняя палата парламента, верхняя палата парламента. Эти сочетания не являются официальными названиями органов власти в РФ, все слова в них пишутся со строчной буквы.
Обе формулировки возможны.
Фраза нуждается в переработке. Например: Обсуждались замечания ко всем пунктам постановления, в которые вносились изменения.
Верно: оплату труда работников. Но: выплатить зарплату работникам.
Правильно: в соответствии с третьей частью Гражданского кодекса...
Официальное название органа власти – Федеральная таможенная служба, сокращенное официальное название – ФТС России. Если, например, в тексте сначала употребляется полное название Федеральная таможенная служба, а далее просто таможенная служба, то слова таможенная служба пишутся строчными.
Запятая нужна.
Первая мировая война, Министерство образования и науки РФ.