Названия железнодорожных станций не заключаются в кавычки. Правильно: станция Крупки.

Как и тридцать лет назад, сейчас кофе может употребляться как существительное мужского рода и как существительное среднего рода. Эти варианты по-прежнему неравноправны: мужской род – строгая литературная норма (в образцовой речи), средний род – допустимое разговорное употребление (но не ошибка). Современные словари русского языка, как правило, указывают: кофе, м. и (разг.) с. Но могут и ограничиться указанием строгой нормы (особенно если это издания, адресованные работникам эфира).

Нормы языка фиксируются словарями, а словари составляют лингвисты, одна из задач которых – наблюдать за развитием языка и фиксировать происходящие в нем изменения. Особой «инстанции, ведающей чистотой русского языка» не существует, хотя в каком-то смысле такой инстанцией можно считать Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН, в задачи которого входит кодификация норм литературного языка в нормативных словарях, грамматиках, справочниках по культуре речи. Но академические словарные проекты выполняются и в других учреждениях, в том числе в Институте лингвистических исследований РАН, выпускающем многотомный Большой академический словарь русского языка – самый значительный по объему нормативной лексики словарь русского языка.

Произношение звуков, передаваемых на письме буквой я, в этом слове вполне «традиционное»: так же, как и в других словах с я в начале слова, на месте я произносится сочетание [йие] – [йиеишн']ица, ср. язык, январь ([йиезык], [йиенвар']) и др. «Йот» в слове яичница произносится очень слабо, но всё-таки произносится.

Слово повысительный словарями литературного языка не отмечается, однако оно используется как специальный термин. 

Сочетание второе высшее образование корректно.

Речь идет о степени или уровне безопасности, поэтому правильно: высокая степень безопасности или высокий уровень безопасности.

Корректно с одной запятой: Платина высшей, 950-й пробы.