В словарях русских личных имен (см., например: Суперанская А. В. Словарь личных имен. М., 2013) указывается, что это варианты одного и того же имени. Даниил – церковная форма, Данила – гражданская (светская). Но юридически это разные имена: если у человека в одних документах имя будет указано как Данила, в других – как Даниил, придется доказывать, что речь идет об одном человеке. Написание должно быть единообразным.

Да, когда-то такое написание допускалось. Но современной письменной норме оно уже не соответствует. «Толковый словарь русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова увидел свет в 1935–1940, а действующие правила правописания приняты в 1956 году. Одновременно с ними был издан нормативный «Орфографический словарь русского языка», в нем зафиксировано: однако ж, однако же. С тех пор в словарях только такая рекомендация.

Форма отчества зависит от того, на какой слог падает ударение в имени Мустафа. Если ударение падает на последний слог (Мустафа), отчество образуется посредством присоединения суффикса -евич к полной форме имени: Мустафа – Мустафаевич. Если же в имени Мустафа ударение падает на первый или второй слог (т. е. конечный -а безударный), отчество образуется посредством присоединения суффикса -ович, а конечный гласный опускается: Мустафович. 

Видимо, это выражение вызывает у Вас ненависть, поскольку носит оттенок официально-делового стиля, канцелярской речи. В живой звучащей речи (особенно в ситуации непринужденного общения) употребление этого выражения, действительно, зачастую неуместно, лучше говорить сегодня, в настоящее время. Но в письменной речи его употребление корректно: сочетание на сегодняшний день зафиксировано словарями русского языка и нарушением литературной нормы не является. Так что беспощадно вычеркивать его не стоит :)

И и Й – разные буквы (разница между ними даже больше, чем, например, между Е и Ё, из-за которых тоже нередко возникают юридические казусы). Буква И обозначает гласный звук [и], буква Й обозначает согласный звук [j]. Поэтому с юридической точки зрения (при чисто формальном подходе) Михаиловна и Михайловна – действительно, разные отчества. По нормам русского языка от имени Михаил образуется отчество Михайлович, Михайловна.

Преднамеренные ошибки в нормативном словаре невозможны. Нормативный словарь для того и создается, чтобы кодифицировать норму, отвечать на вопрос «Как правильно?». Но, разумеется, любой словарь (как печатный, так и электронный) не застрахован от банальных опечаток, а кроме того, всегда сложно кодифицировать новые слова, недавно заимствованные языком. Такие слова часто испытывают колебания в написании, поэтому их фиксация в разных словарях может быть разной.

Все эти сочетания встречаются в речи лингвистов. Первое наиболее употребительное, соответствует строгой литературной норме, второе встречается реже, но неправильным его считать нельзя (напр.: Достаточно вспомнить, скажем, что для поэзии, особенно XX века, вопрос, писать с дефисом или слитно очередной поэтический неологизм, неизменно вызывал споры и разногласия [В. Елистратов. Тест и культура речи // «Наука и жизнь», 2009]). Последнее воспринимается как несколько сниженное, разговорное. 

1. Корректно написание со строчной буквы.

2. Если фамилия и имя пишутся на обложке, то лучше поставить их в форму им. падежа. Так они будут восприниматься как название при родовом слове и не возникнет омонимии (Иванова Евгения — род. падеж муж. рода или им. падеж жен. рода?).  В тексте нужна форма родительного падежа, например: выдали личное дело № 777 Иванова И. И.  

Разговорная речь тоже часть литературного языка. Противопоставлять имеет смысл не норму и разговорную речь, а образцовые, предпочтительные варианты и варианты, допустимые в обиходной разговорной речи. Первые используются во всех ситуациях, где нужно продемонстрировать владение эталоном (официальные выступления, речь в СМИ, речь со сцены и др.), вторые — в ситуации непринужденного общения. Например, ударение сОздали образцовое, а создАли разговорное, но при этом оба варианта нормативны.