В значении "образовать/образовывать кристаллы; принять/принимать форму кристаллов" эти глаголы абсолютно синонимичны, в значении "приобрести/приобретать определённость" используется только глагол кристаллизоваться. 

Разница в желании автора придать или не придавать ряду однородных членов характер приложения или уточнения. В устной речи смысловые оттенки передаются интонацией, в письменной речи – знаками препинания.

Оборот в три часа можно выделить запятыми, если вы хотите придать ему характер уточнения (сегодня, а именно в три часа...). Если такого намерения нет, то запятые не нужны. 

Написание Министерство здравоохранения соответствует правилу: с прописной буквы пишется первое слово в официальном названии учреждения, организации, предприятия. Функция прописной буквы – не придать «важность» слову, а маркировать имя собственное.

Если предлог по используется при обозначении действия, события, после которого что-либо совершается, происходит, то он употребляется с существительными в предложном падеже: по окончании, по прибытии, по прилете, по приезде.

Лексический состав и грамматическое строение предложения не позволяют однозначно решить, чем является собственно — вводным словом или частицей. Это тот случай, когда только Вы, как автор текста, можете принять решение.

В заголовках и подзаголовках (рубриках), действительно, не ставят точки. Однако в школе эта практика обычно противоположна - точки ставят, чтобы привить ученикам мысль о необходимости точки в конце предложения (для унификации). 

На наш взгляд, формулировка становится более внятной, если принять Ваше предложение и избавиться от тавтологии:

Органы местного самоуправления обязаны:
— определять должностных лиц и (или) органы, уполномоченные осуществлять отдельные государственные функции.

Двоеточие не нужно, стоит выделить вводное сочетание и, если есть желание придать обороту на все 100 обобщающее значение, поставить тире: Сделать ее гармоничной, яркой, интересной, комфортной — ну, что называется, на все 100.