Да, распространенное приложение после имени собственного следует выделять запятыми: Доктор Дикуль, главный ортопед страны, сказал...
Можно поставить тире или запятую: Но самое главное – она с ним разговаривала; Но самое главное, она с ним разговаривала.
Видимо, это сочетание можно оформить как название маршрута, без кавычек.
Запятая перед тире нужна: она закрывает пояснительный оборот Мастер Йода.
Чередование есть. Гласная а появляется в глаголах с суффиксами -ивы-, -ыва-. Это явление описано в правилах о безударных гласных, см. «Орфографическое комментирование русского словаря».
Главный организатор мероприятия – подчинённый Ивана Ивановича дядя Вася.
Корректно: Иван Иванов, депутат, главный директор ОАО «АВС», приветствовал собравшихся. Ряд депутат, главный директор ОАО «АВС» является поясняющим приложением к имени собственному Иван Иванов.
Главное слово в составном существительном обычно идет первым и обозначает родовое понятие, именно с ним согласуется прилагательное: изысканное ателье-бутик (ср. известная школа-интернат и т. п.)
