Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).
Правильно: Мы прибываем в аэропорт Внуково города Москвы.
В литературном языке правильно: из какого города звоните. Вариант с предлогом с — просторечие, его лучше не употреблять.
Правильно: города Чайковского. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Верно: ...города Орла.
Верно: в городе Красногорске. Объяснение читайте в «Письмовнике».
Верно: в городе Белгороде, в Республике Таджикистан.
Правильно: в Красноярске и (в канцелярской речи) в городе Красноярске.
