В приведенном случае возможно: была написана цифра 5. 

Верно: Оплаченные заказы резервируются на 7 дней, неоплаченные — на 5 дней.

В этом случае используется строчная буква.

Второе тире не требуется: По данным Medical News Today – одной из ведущих издательских компаний в области здравоохранения, количество общего холестерина в крови здорового человека не должно превышать 5 ммоль/л, так же как и не должно быть существенно ниже этого показателя.

Первое тире также можно заменить на запятую.

Оба варианта возможны.

Вы разобрали предложение верно, запятая нужна после слова эффекта, чтобы закрыть придаточное что практика не дает эффекта: Как понять, что практика не дает эффекта, и что нужно делать, чтобы появился нужный результат?

Литература – справочники по пунктуации. Самые известные: справочник Д. Э. Розенталя и справочник под ред. В. В. Лопатина.

Верно: в течение 3–5 секунд.

Верно: Награждается ученица 4 класса "Ж" Савельева Елизавета, занявшая 1-е место в школьной олимпиаде.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

На месте цифры 4 запятая не нужна.