Корректно: появление... обусловливает изменения (=появление является условием для изменений), появление... обусловлено изменениями (=изменения являются условием для появления).
Определительный оборот обособляется.
Запятая ставится между частями сложного предложения.
Возможны варианты. Обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются знаками препинания (запятыми). Но при тесной связи оборота со сказуемым (если смысл предложения: работы не просто продолжатся, а продолжатся именно вопреки трудностям) запятая не ставится.
Постановка запятой не требуется.
При такой формулировке запятая нужна. Но лучше перестроить предложение: Все замечания, зафиксированные в акте, новый подрядчик будет устранять не позднее 22.03.
Пунктуация верна.
Следует выделить как АВС.
Пожалуйста, поясните, какие обозначения Вы называете "новыми", а какие - "старые".