Слово правительство вне официального названия пишется со строчной буквы: российское правительство; областное правительство. В сочетании Счетная палата (названии высшего органа государственного аудита) первое слово пишется с прописной буквы в любом случае.

Междометие а отделяется запятой. Однако в приведенном Вами примере а – вовсе не междометие, а частица. После частицы а, которая употребляется в начале предложения, запятая не ставится. Правильно: А как, на Ваш взгляд, это лучше сделать? Другие примеры: А все-таки она вертится! А что я ему скажу? А знаешь, о чем я сейчас думаю?

Что касается междометия а: оно выражает досаду, горечь, удивление, удовольствие, радость, ужас, боль и другие чувства. Междометие выделяется: в речи – паузой, на письме – запятой, например: А, да что там говорить! А, так все-таки были бананы?

Сочетание надрывать горло не противоречит нормам русского языка. Оно встречается в художественных текстах, например: Долго и бесплодно бродили мы с Мишей по берегу, надрывая неистовым криком горло и постреливая иногда в воздух — гробовое молчание было нам ответом [Б. И. Вронский. Дневник (1935)]; Кави, надрывая охрипшее горло, созывал вожаков, чтобы убедить их отказаться от нападения на шене [И. А. Ефремов. На краю Ойкумены (1945–1946)]; «В словах ее крылась какая-то страшная тайна», — думаю я, возвращаясь к уже надрывающей горло няне: «Ну где тебя носит?..» [В. Н. Кобец. Кисть рябины // «Волга», 2012].

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Написание в кавычках со строчной буквы корректно. 

Вдохновление - процесс от глагола вдохновлять (дарить вдохновение, воодушевлять). В речи это слово, действительно, используется очень редко. С ним можно составить такой пример употребления: Начальник решил подбодрить уставших работников. Вдохновление на трудовые подвиги продолжалось десять минут.

Опечатка исправлена. Спасибо за замечание!

Да, географические названия (в т. ч. названия городов) пишутся без кавычек, но вряд ли здесь это правило применимо. Такое название нехарактерно для русской топонимики, так в нашей стране города не называются. «СМАРТ Сити Казань» – не столько географическое название, сколько условное название бизнес-проекта, поэтому кавычки уместны. Кроме того, кавычки помогают читателю воспринимать нехарактерное (в том числе и с точки зрения графического оформления) для русского языка сочетание как единое название.

Порядковое числительное пятитысячный образовалось от количественного пять тысяч сложением основ с суффиксацией, суффикс -н-. Гласная и выполняет соединительную функцию. О соединительных гласных можно прочитать в пособии Е. И. Литневской.

Ошибки нет. Слово награбленное в данном случае не причастие, а существительное (субстантивированное), оно отвечает на вопрос «что?». Word 2007, к сожалению, этого не знает.