Следует писать раздельно, так как при причастиях есть зависимое слово наукой. Вы написали верно.
Корректно: Единственное, чего мы не нашли, – это хороший кофе. Подлежащее и сказуемое (единственное и кофе) стоят в форме именительного падежа. Ср.: Чего мы не нашли – так это хорошего кофе.
Дополнительные знаки препинания не нужны.
Правильно: ПИН-код, во множественном числе: ПИН-коды.
Мужская фамилия склоняется так: Перепеч, Перепеча, Перепечу, Перепеча, Перепечем или Перепечом (в зависимости от места ударения в фамилии, это решает ее носитель), о Перепече.
Знаки препинания расставлены верно.
Возможны оба варианта.
При обозначении приблизительного количества (путем постановки числительного впереди существительного или путем вставки слов около, свыше, больше, меньше и т. п.) сказуемое может стоять как в форме единственного, так и в форме множественного числа (второй способ согласования все чаще встречается в наше время).
Правильно: врио директора. Слово врио зафиксировано в "Русском орфографическом словаре РАН" под ред. проф. В. В. Лопатина. Электронная дополненная версия словаря есть на нашем портале.
