Возможны две формы наименований подобного типа: с согласуемым собственным названием, которое пишется без кавычек, и с несогласуемым названием, которое заключается в кавычки. То есть корректны варианты: 

Утверждено к печати ученым советом Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института монголоведения, буддологии и тибетологии Сибирского отделения Российской академии наук; 

Утверждено к печати ученым советом Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Институт монголоведения, буддологии и тибетологии Сибирского отделения Российской академии наук».

Выбрать нужно тот вариант, который соответствует официальному названию учреждения. 

Это другие корни, правописание которых не регулируется правилом о ТВАР-ТВОР. 

Указанная запятая нужна, так как причастный оборот утвержденные приказом РЭК от 24.04.2009 относится только к слову индексы.

Присоединительные обороты, начинающиеся союзом в том числе, обособляются: ...проведение дополнительных исследований, в том числе токсикологического.

В интернет-источниках встречается указание на возможность написания P. S. S., приводится даже расшифровка: post sub scriptum. Но говорить о равноправности этих вариантов вряд ли возможно – хотя бы потому, что в русском языке существует слово постпостскриптум, но не существует слова постсубскриптум. Традиционно употребляется сокращение P. P. S., такая фиксация в словарях и справочниках. Например, в «Словаре аббревиатур иноязычного происхождения» Л. А. Барановой (М., 2009) указано: «При наличии нескольких приписок к каждой последующей добавляется буква P: P. P. S. и т. д.». Так рекомендуют писать сейчас, так рекомендовали и раньше. О том, что вторичная приписка вводится буквами P. P. S., говорится, например, в пособии А. Акишиной, Н. Формановской «Этикет русского письма» (М., 1986).

Официально действующим в настоящее время сводом правил русского правописания являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года.

См. § 202 "Правил русской орфографии и пунктуации": С прописной буквы пишутся местоимения Вы, Ваш как форма выражения вежливости при обращении к одному конкретному лицу в письмах, официальных документах и т. п., напр.: Поздравляем Вас…, Сообщаем Вам…; в ответ на Ваш запрос…

В ГОСТ Р 6.30-2003 «Унифицированные системы документации. Унифицированная система организационно-распорядительной документации. Требования к оформлению документов» зафиксирован пример заголовка для инструкции с формой родительного падежа без предлога: Должностная инструкция ведущего эксперта. И эта модель является широко распространенной в делопроизводстве.

«Словарь грамматической сочетаемости слов русского языка» Е. М. Лазуткиной (М., 2012) указывает на возможные варианты управления: инструкция для кого (чаще) и инструкция кому. Эта рекомендация, по-видимому, обусловлена тем, что конструкция с родительным падежом без предлога в некоторых контекстах двусмысленна: ее можно понять и как «инструкция, адресованная кому-то», и как «инструкция, составленная кем-то».

Использование сочетания действующая лицензия корректно, плеоназма нет. Слово действующая обращает внимание читателя, что лицензия должна быть действительна в момент предъявления.

Правильно раздельное написание. Не со словами на -мый пишется раздельно при наличии зависимого слова – существительного в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия: не применяемые учреждением. Ср.: неприменяемые в учреждении (слитное написание, т. к. зависимое слово не в творительном падеже).