Верно: и. о. ректора.
Правильно: о Евгении Ивановиче.
Корректно: Положение о ... (далее — Положение).
Правильно: о признании приказа утратившим силу.
Верно: о трёх тысячах университетов.
Верно написание строчными буквами: и. о. генерального директора.
Если в предложении дальше нет противопоставления, правильно слитное написание: о невозбуждении.
Правильное управление: понимать что (полный охват предмета действием, например: я понимаю живопись) и понимать в чём (частичный охват предмета действием, например: я понимаю кое-что в живописи). Понимать о чём – неправильно. В приведенном Вами примере слова о том лишние. Правильно: понимать, что он говорит.
Предложение следует начинать с прописной буквы: И. о. директора приказывает... Однако начало строки не всегда совпадает с началом предложения.