Предложение построено неудачно. Возможен такой вариант: Если в книге покупок отражены различные наименования продавца (поставщика) с указанием одинаковых ИНН и КПП, то это не должно вызвать претензии со стороны проверяющих.

Корректность двух последних из приведенных Вами примеров (бессоюзного сложного и сложноподчиненного предложений) не вызывает сомнений. Что касается возможности употребления сочетания становится ясно в роли вводного, то она сомнительна. Важным формальным свойством вводных конструкций является отсутствие грамматической  связи с каким-либо членами или частями предложения, из чего следует ещё одно свойство — способность занимать в предложении любую позицию: начальную, срединную, конечную. Сочетание становится ясно едва ли возможно «передвигать» из начальной позиции в какую-то другую, сравним: ^?Чрезмерное потребление, становится ясно, духовно обедняет человека; ^?Чрезмерное потребление духовно обедняет человека, становится ясно. При этом, конечно, ничто не мешает выделить эту конструкцию в срединной позиции как вставку (такое возможно с любой частью предложения): Чрезмерное потребление — становится ясно — духовно обедняет человека.

Правильно: со штаб-квартирой.

Поскольку это форма слова блочок (с ударным суффиксом), то верно: блочкИ.

Запятая перед и нужна, поскольку слово естественно относится только к первой части сложного предложения.

Согласно некоторым словарям, сочетание по заключению кого-чего является вводным, поэтому запятая ставится.

Оба предложения корректны. При выборе следует принять во внимание смысловые нюансы, какие могут выражать словосочетания вопрос о ходе реализации и вопрос хода реализации. В первом случае объявляется тема вопроса (какой по тематике вопрос обсуждался); здесь вопрос то же, что пункт в повестке совещания. Во втором случае слово вопрос может быть близко по значению слову проблема; зависимые слова поясняют суть проблемы, трудной задачи.

С точки зрения орфографии написано корректно.

Корректно с запятой.