В предложениях, где подлежащее выражено сочетанием со словом несколько, сказуемое ставится в форме множественного числа, если обозначает активное и раздельное действие, в единственном — если пассивное состояние или совместное действие. В данном случае требуется форма единственного числа: возникло несколько вопросов.

1. В профессиональной речи употребление слова глина во множественном числе возможно, если речь идет о разных видах глины. В тексте, адресованном широкому читателю, предпочтительна форма единственного числа.

2. Правильно с запятой. 

3. Заявка подается в письменной и электронной форме. 

Строгая литературная норма требует склонять русские и хорошо освоенные иноязычные названия городов в сочетании со словом город: в городе Москве, из города Ялты, сайт города Симферополя. Отсутствие согласования (из города Ялта) можно встретить в официально-деловом стиле, в административно-судебной речи.

Правилен первый вариант. Числительные два, три, четыре (в том числе в составных числительных) в им. падеже требуют постановки после себя существительного в форме род. падежа ед. числа. С числительными от пяти и далее используется форма род. падежа мн. числа.

Притяжательное местоимение наш изменяется вместе с изменением определяемого слова: нашей речи, нашу речь, нашими речами, о наших речах и т. п. Форма притяжательного местоимения его остается неизменной: его речи, его речь, его речами, о его речах и т. п.

Прилагательной полный здесь употреблено в значении «содержащий что-л.; вместивший много кого-чего-л.». В этом случае корректна форма родительного падежа зависимого существительного: жизнь, полная счастья, удовлетворения и чудес. См. словарь «Управление в русском языке» Д. Э. Розенталя.

Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).

Вероятно, на согласовании по форме мн. ч. сказываются два фактора: 1) в английском языке Beatles - множественное число; 2) в русском языке существует множество названий групп, в которых используется форма мн. ч., например "Песняры" (ср. русифицированное "Битлы" - в разговорной речи).

В данном случае речь идет о счетной форме существительных (особой форме множественного числа, которая используется с числительными при указании точного количества). Счетная форма обычно указывается в словарях. Согласно орфографическому словарю, верно: пять килограмм и пять килограммов, но только: пять мегабайт.