Если эти слова употребляются как часть официального названия государства, правильно с прописных, например: против Исламской Республики Иран. Если же они выступают в обобщенном значении 'форма государственного устройства', следует писать строчными, например: он выступал против исламской республики, за исламскую монархию.

Это свободное (не фразеологизованное) словосочетание, его значение выводится напрямую из значений входящих в него слов.

Да, употребление кавычек предпочтительно.

Верно: одна из причин, по которым... ; причина, по которой...

1. Возможны варианты: ж.-д. вокзал и ж/д вокзал.

2. Согласно действующим правилам правописания, принятым в 1956 году, верно только написание прийти, идти. Варианты придти, притти, итти можно встретить в книгах, вышедших в свет до 1956 года. 

Действительно, глагол прийти раньше имел варианты написания: прийти, притти и придти; приду и прийду, придёшь и прийдёшь и под. Однако в ХХ веке была проведена унификация орфографии — избавление от орфографических вариантов. С 1934 года главным орфографическим ориентиром для учащихся и учителей становится «Орфографический словарь» Д. Н. Ушакова, в котором автор «избегает давать двоякие написания слов (например: идти и итти), а избирает из числа существующих, конечно грамотных написаний, одно то, которое представляется наиболее распространенным в настоящее время». В 1956 году выходит первый общеобязательный свод правил — «Правила орфографии и пунктуации», а также первый академический орфографический словарь — «Орфографический словарь русского языка». Одна из задач правил и словаря состояла в освобождении письма от разнонаписаний. Так что с середины 20 века написание прийдя должно считаться ошибкой. 

Действительно, союз и в данном случае повторяющийся, поэтому запятая между частями сложносочиненного предложения должна быть поставлена.

Фраза некорректна. Можно написать так: Получение прибыли с наименьшими затратами - задача всех предприятий отрасли.