Запятые не нужны.   

Когда речь идет о человеке, его имя обычно является определяемым словом, а другие существительные, называющие этого человека, — приложениями при нем. Соотвественно, в данном случае приложение  — один из христианских апологетов II века. Обратите внимание, что деепричастный оборот выделяется запятыми с двух сторон: Один из христианских апологетов II века Тертуллиан, говоря о вере, писал: «Верую, потому что абсурдно». 

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве» (= в качестве уполномоченного органа), что не требует знаков препинания.

Запятая нужна. При этом смысл оборота включая 1 этажи в этом предложении не ясен. Имеются в виду затраты жителей первых этажей или, возможно, что-то другое?

Будучи — деепричастие (от глагола быть), а деепричастия и деепричастные обороты обособляются (за исключением некоторых особых случаев, к которым приведенный контекст не относится).

В данном предложении запятая перед чтобы не нужна. Запятая поставлена перед составным подчинительным союзом вместо того чтобы: Сотрудники спрятали найденные на кладбище три трупа, вместо того чтобы зарегистрировать их.

Для запятой нет оснований.

Запятая перед тире необходима, так как она закрывает придаточное предложение который она находит. См. параграф 64.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Перед придаточной частью, присоединенной союзом несмотря на то что, запятая нужна: Лошадь начала уставать, а с него пот катился градом, несмотря на то что он поминутно был по пояс в снегу.

Судя по всему (хотя предложение не приведено полностью), в данном случае есть три однородных члена предложения, перед каждым из которых, кроме первого, повторяется союз или. Если это так, то корректно следующее пунктуационное оформление: ...аттестат об основном общем образовании, или аттестат о среднем общем образовании и приложение к нему, или справку об обучении из организации. Сравним пример из параграфа 13.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Иные хозяева вырастили уже вишни, или сирень, или жасмин (Ф.).