Для принятия верного решения в таких случаях нужно обращаться к правоустанавливающим документам. В соответствии с ними корректно с прописной: Департамент ветеринарии Минсельхоза России. 

Поскольку части этого сложносочиненного предложения соединены повторяющимся союзом и... и... (а не одиночным союзом и), запятая требуется несмотря на общее для обеих частей обстоятельство (осенью): Осенью и птицы готовятся к зиме, и звери создают запасы. 

мини (англ. mini от лат. minimus «наименьший») слитно/дефисно/раздельно: 1) пишется через дефис как первая часть сложных существительных или сочетаний с приложением, состоящих из двух частей – самостоятельно употребляющихся существительных со вторым склоняемым компонентом, напр.: мини-завод, мини-компьютер, мини-футбол, мини-юбка § 46 п. 3; 2) пишется через дефис как первая часть сложных прилагательных, образованных от существительных, пишущихся через дефис, напр.: мини-компьютерный, мини-футбольный § 48; 3) как постпозитивное несклоняемое определение пишется раздельно с предшествующим существительным, напр.: юбка мини § 

46 п. 4; 4) пишется слитно как первая часть сложных существительных с первой частью, самостоятельно употребляющейся, и второй, самостоятельно не употребляющейся, напр.: минимобиль (малолитражный автомобиль), минипьяно, миницикл (разновидность мотоцикла) § 46 п. 6; 5) пишется слитно как исключение из правила о дефисном написании сложных существительных или сочетаний с приложением, состоящих из двух частей – самостоятельно употребляющихся существительных со вторым склоняемым компонентом, напр.: минивэн § 46 п. 3 искл.

◊ Употребляется как существительное в таких, например, контекстах: она носит мини, мини не всем идет; пишется раздельно, если присоединяется к сочетанию слов, напр.: мини гражданская война, мини стиральная машина; ср. также макси, миди. 

Орфографически корректное написание сокращения словосочетания информационная статегия — инфостратегия. Однако, если мы верно поняли, в данном случае речь идет об имени собственном (названии конференции), поэтому следут выбирать такое написание, которое утверждено официально.  

Пунктуация в Вашем предложении корректна, добавлять ничего не нужно.

Если бы в предложении отсутствовало слово тогда, наречие осенью можно было бы считать общим второстепенным членом: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву и жизнь в усадебном доме замерла. Но наличие слова тогда этому препятствует. Запятую нужно поставить: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву, и тогда жизнь в усадебном доме замерла.

Предложение построено некорректно. Предлог в соответствии с, как правило, не используется при указании времени. Верно: Наладка установки в течение гарантийного периода.

Иногда тире опускается, но в данном случае тире ставить нужно, поскольку без него возникает двусмысленность (не очень гуманитарными предметами).

Правильно: перпендикулярно им.