Нет, запятая нужна: Голый, я пытаюсь понять, что бы ещё с себя снять, чтобы было не так жарко. Нераспространенные определения, относящиеся к личным местоимениям, обособляются. В примечании говорится о необособлении таких определений, которые являются смысловым центром высказывания. В Вашем предложении иная ситуация: (Даже уже будучи голым), я пытаюсь понять...
Пока что — наречие, не требущее выделения знаками препинания.
Правильно: испокон веков. Слово испокон происходит от древнерусского поконъ 'начало', того же корня, что искони 'вначале', конец. О родстве слов начало и конец см. в ответе на вопрос № 208821.
По выходе из отпуска – правильно.
Скорее всего, Вы имеете в виду сочетание величайшею из добродетелей.
В современном русском языке звательный падеж сохраняется в виде отдельных словоформ: отче, Боже, Маш, пап, Вов и т. д. Говорить об окончательном исчезновении пока рано.
Переливать из пустого в порожнее - заниматься никчемным делом, пустой болтовней и т. п.