Собственное имя лица или кличка животного выступает в роли обособленного приложения, если оно поясняет либо уточняет нарицательное существительное (перед таким приложением можно без изменения смысла вставить слова а именно, то есть, а зовут его): Дочь Дарьи Михайловны, Наталья Алексеевна, с первого взгляда могла не понравиться (Т.); Отец мой,  Клим Торсуев,  известный мыловар, был человек тяжёлого характера (М.Г.); У дверей, на солнышке, зажмурившись, лежала любимая борзая собака отца — Милка (Л.Т.); А братья Ани,  Петя и Андрюша,  гимназисты, дёргали его [отца] сзади за фрак… (Ч.); Четвёртый сын ещё совсем мальчик,  Вася (Пауст.).

Слово действительно может быть выделено как вводное. Слово вдруг не обособляется.

Справочное пособие Д. Э. Розенталя, безусловно, никто не отменял, но, пользуясь им, надо помнить, что книга эта была составлена еще в середине прошлого века, поэтому некоторые рекомендации ее устарели. Конечно, справочник много раз перерабатывался и редактировался, но всё же некоторые рекомендуемые им написания не соответствуют современным нормам письма. Это касается и аббревиатурных названий производственных марок: сейчас нормативно их написание без кавычек. И, кстати, в 7-м, переработанном и дополненном, издании справочника Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?» (М., 2005) зафиксировано именно такое написание, без кавычек: ЗИЛ-130, Ту-144, Ил-18  и т. п. – то есть в данном случае приведены рекомендации, не противоречащие другим справочникам по правописанию.

Действительно, между этими двумя рекомендациями есть некоторое противоречие. Однако обратим внимание, что во второй группе примеров все дефисные конструкции стоят на втором месте, т. е. выполняют функцию определения. В первой группе примеры различаются: студент-медик — альпинист имеет обратный порядок компонентов, а оставшиеся два — такой, как в предыдущей группе. Это может иметь значение, поскольку альпинист здесь является приложением к конструкции с приложением (медик), а это требует паузы при произнесении и постановки знака тире. В остальных случаях, на наш взгляд, тире можно не ставить.

Добавим, что за разъяснениями приведенного Вами правописного решения Вы можете обратиться непосредственно к авторам «Русского правописания с комментариями» (их электронные адреса есть на сайте Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН в разделе «Сотрудники») и всё узнать, так сказать, из первых рук.

Полагаем, что запятая нужна, поскольку эти события произошли не одновременно: Вдруг небо озарилось яркой вспышкой, и молния ударила в дерево. 

В современном русском письме точка с запятой используется обычно для того, чтобы сгруппировать части сложных синтаксических конструкций в блоки и (или) чтобы отделить друг от друга крупные, основные части особо осложненных предложений, о чем, например, пишет Н. С. Валгина в книге «Актуальные проблемы современной русской пунктуации». Точка с запятой уместна при многоуровневой логико-смысловой структуре предложения, внутри частей которого поставлены запятые и (или) тире, например: А перед Челкашом быстро неслись картины прошлого, далекого прошлого, отделенного от настоящего целой стеной из одиннадцати лет босяцкой жизни. Он успел посмотреть себя ребенком, свою деревню, свою мать, краснощекую, пухлую женщину, с добрыми серыми глазами, отца — рыжебородого гиганта с суровым лицом; видел себя женихом и видел жену, черноглазую Анфису, с длинной косой, полную, мягкую, веселую, снова себя, красавцем, гвардейским солдатом; снова отца, уже седого и согнутого работой, и мать, морщинистую, осевшую к земле; посмотрел и картину встречи его деревней, когда он возвратился со службы; видел, как гордился перед всей деревней отец своим Григорием, усатым здоровым солдатом, ловким красавцем... (М. Горький). См. также примеры в ответе на вопрос № 331479.

В приведенном случае подобного не наблюдается, части сложного предложения короткие, представляют собой простую иллюстрацию тезиса из предыдущего предложения, а потому целесообразно ограничиться запятыми: Все ребята очень активные и увлеченные. Илья, например, заядлый рыбак и уже несколько лет поклонник бренда, Саша ведет блог о рыбалке, Ольга почти профессионально увлекается мототехникой.

Вопрос зачем? — это вопрос о цели того или иного действия, вопрос почему? — вопрос о причине. Так что Вы совершенно правы в своих рассуждениях, только дело не в наличии/отсутствии отрицания, а в логике высказывания. 

В данном случае "как сеть для мемов" не выделяется запятыми, так как это словосочетание используется в значении "в качестве". 

Дефис не нужен. В значении 'поодиночке, следуя друг за другом' по одному пишется раздельно.

Обе части склоняются, согласуясь друг с другом: три года (где?) в колонии-поселении, но три года (чего?) колонии-поселения.