Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа, поэтому корректно: Реконструкция подстанции АБВ с заменой трансформаторов Т-1 и Т-2 мощностью 16 МВА каждый на два трансформатора мощностью 25 МВА каждый, ранее установленные на подстанции ЭЮЯ.

Это непростой вопрос. Терминологически точно сочетание ударный (безударный) гласный, так как ударным может быть только звук, а не буква. Но выражение ударная (безударная) гласная используется в научной и учебной литературе как заменитель длинного и неудобного, хотя и терминологически безупречного, оборота буква, обозначающая ударный (безударный) гласный звук.

Корректно: В ответ на письмо В.М. Борисова и принимая во внимание письмо Ю.В. Александрова направляю Вам для подписания договор, скорректированный с учетом замечаний ранее перечисленных лиц.

Запятая после деепричастного оборота не ставится, так как деепричастный оборот выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством.

Пунктуация зависит от смысла. Если имеется в виду Ему в качестве руководителя многое сходило с рук, то запятые не нужны.

Если у оборота с как есть значение причины (Поскольку он был руководителем, ему многое сходило с рук), запятые нужны: Ему, как руководителю, многое сходило с рук. 

В этом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как своих воспитанников = «в качестве своих воспитанников» (он выращивал эти деревья), запятая не нужна; если как своих воспитанников =  «так же, как любят своих воспитанников» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна.

Значение оборота (вот) и вся недолга (ударение на последнем слоге) – «и всё тут, и кончено дело, только и всего». Выражение происходит от поговорки и вся недолга песня (недолга здесь – краткое прилагательное). Долгими называли длинные исторические песни. Ср. выражение это долгая песня – о том, что состоится или закончится нескоро.

От доски до доски – от начала до конца; целиком. Выражение связано с переплетным делом. Старинные рукописные книги для сохранности покрывали деревянными переплетами, которые обтягивались кожей или дорогой материей. Поэтому первоначальный смысл оборота прочесть от доски до доски – прочесть от первой страницы до последней. Ср.: от корки до корки.

В предложении, приведенном в вопросе, запятая перед союзом и поставлена для того, чтобы закрыть причастный оборот связанной с развитием сотрудничества. Если бы причастного оборота не было, то запятые в этом предложении были бы не нужны: Внести изменения в Правила осуществления деятельности и в Положение о регулировании такой деятельности.

В предложении нет сравнительного оборота, поскольку здесь не сравниваются размеры Пушкинской карты и входного билета, а утверждается многообразие функций Пушкинской карты, включающее и функции входного билета. Следовательно, запятая не нужна: Пушкинская карта — больше чем входной билет на мероприятие. Сравним: Пушкинская карта — не просто входной билет на мероприятие. 

Определение накопившихся относится не непосредственно к существительному фактов, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию экспериментально доказанных фактов. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.