Для прояснения смысловых отношений между сочетаниями номинированного поставщика и ООО «Сфера» нужно поставить одиночное тире. Кроме того, предложение требует дополнительного редактирования: В связи со срывом сроков освоения (чего?) номинированным поставщиком — ООО «Сфера» поручаю...

Да, здесь следует заменить местоимение, и этого будет достаточно: ...Взяли сыновья по венику и сломали их.

Правильно: Документы судов и военных трибуналов, а также документы, содержащие сведения о возбуждении дел и составах преступлений, местах осуждения и отбывания сроков заключения, не относятся к перечню документов, образующихся в деятельности предприятий железнодорожного транспорта, и на хранение в отдел архивов Октябрьской железной дороги не поступали.

Словари дают такое определение: ливень – сильный проливной дождь. Т. е. слабым ливень быть не может, следовательно, сочетание сильный ливень лексически избыточно. Но в непринужденной устной речи (особенно при передаче эмоционального состояния) такая избыточность может быть оправданна (ср.: промок насквозь, попал под сильнейший ливень!), поэтому однозначно говорить, что сильный ливень – всегда ошибка, мы бы не стали.

Да, слово дружба может употребляться во множественном числе. Вот несколько примеров: Как я рада, что вы встретились опять с Кити, надо дорожить старыми дружбами (Л. Толстой, Анна Каренина). Сколько проказ, скандалов, игр, драк, ссор, примирений, поцелуев, дружб! (В. Катаев, Белеет парус одинокий). Жизнь у меня тогда была наполнена новыми дружбами, долгими спорами, чтением стихов, занятиями (Д. Самойлов, Общий дневник).

1. Предложенная Вами пунктуация возможна.

2. Сочетание как есть в приведенных Вами предложениях является частицей и не требует обособления. 

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир. 

Написание ВОв неправильно. Сокращение от Великая Отечественная война – ВОВ. Многие лингвисты, однако, считают эту аббревиатуру варварской, см., например, статью Н. А. Еськовой.