Ключом к пониманию значения термина нанотехнологии является первая часть этого слова – нано. Как указывает «Толковый словарь иноязычных слов» Л. П. Крысина (М., 2005), нано... (от греческого nannos 'карликовый') – первая часть сложных терминов – названий единиц измерения, обозначающих миллиардные доли основных единиц, например, наносекунда.

Нанотехнологии можно определить как технологии производства и использования разного рода устройств, необходимых для манипуляции микроскопическими частицами вещества. Целью развития нанотехнологий является разработка на основе наночастиц материалов с уникальными характеристиками, вытекающими из микроскопических размеров их составляющих.

На официальном сайте ГК «Российская корпорация нанотехнологий» (РОСНАНО) (это российская государственная корпорация, основанная в 2007 г. для реализации государственной политики в сфере нанотехнологий) дано такое определение:

Нанотехнологии – совокупность методов и приемов, применяемых при изучении, проектировании, производстве и использовании структур, устройств и систем, включающих целенаправленный контроль и модификацию формы, размера, интеграции и взаимодействия составляющих их наномасштабных элементов (1-100 нм) для получения объектов с новыми химическими, физическими, биологическими свойствами.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Слово озера – обобщающее для ряда Верхит, Стерж, Вселуг, Пено и Волго.

При перечислении запятая ставится (в знач. "по городу и вдоль озера").

Словарь имён собственных

Специальных правил оформления литеры в названии класса нет. В прочих случаях литерные добавления, как правило, пишутся строчными буквами без кавычек и присоединяются без пробела и без дефиса к предшествующей цифре: рисунок 1а, пункт 2д, дом 3а и т. д. Поэтому по аналогии можно было бы написать 1а класс, класс 10г, но на практике такой вариант не используется.

Наиболее распространены варианты оформления с прописной литерой, заключенной в кавычки: наш 10-й «Б», поступил в 1-й «А» класс и т. д. Такое оформление особенно уместно в тех случаях, когда литера располагается не сразу после числительного (или когда числительное вообще отстутствует): 10-й класс «Б»; классы «А» и «Б».

При написании числительного словом используется аналогичное оформление: первый «А» класс, десятый «Б». Ср.: Здесь можно было переждать какую-нибудь опасность, покурить, поговорить с девчонкой – словом, свой девятый «В» Мельников не случайно обнаружил именно здесь. Г. Полонский, Доживем до понедельника. Служкин запустил девятый «А» в кабинет и раскрыл классный журнал. А. Иванов, Географ глобус пропил.

Географические названия в сочетании со словом озеро обычно не склоняются. Корректно: на берегу озера Наговье.