Если нет необходимости подчеркнуть, что исполнителей было много, то нужно выбрать форму ед. числа, например: 39 проектов подготовлены к защите в пяти институтах и 39 проектов подготовлено к защите.
В канцелярской речи такой оборот вполне возможен.
Лучше: проведено.
Оба варианта возможно. Если нужно подчеркнуть сам факт присутствия, то лучше использовать форму ед. ч. Если нужно подчеркнуть количество - то форму мн. ч.
Предлагаем воспользоваться нашей «Искать на Грамоте» (толково-словообразовательный словарь) и выбрать глагол в соответствии со значением.
Правильно: 0,6 миллиграмма, 4,25 грамма, 23,456 килограмма, 22,98 центнера. Существительным управляет дробная часть.
При такой формулировке запятая нужна. Но лучше перестроить предложение: Все замечания, зафиксированные в акте, новый подрядчик будет устранять не позднее 22.03.