Для конструкций типа брат с сестрой допускается постановка сказуемого как в форме множественного, так и в форме единственного числа. Форма множественного числа сказуемого показывает, что действие, обозначаемое сказуемым, в равной мере приписывается всем действующим лицам. Форма единственного числа сказуемого показывает, что обозначаемое сказуемым действие приписывается первому из названных действующих лиц. Однако на наш взгляд в данном случае лучше выбрать форму множественного числа, так как действующих лиц много. В этом случае и обособление оборота вместе с двумя иноками Варлаамом Яцким и Мисаилом Повадиным не нужно. 

В современном русском языке форма куполы уже не является нормативной, правильно: купола. Но раньше форма на -ы была основной, как и у многих других существительных мужского рода, которые сейчас в именительном падеже мн. числа оканчиваются на -а, -я (поезда, тополя, повара и мн. др.). 

Конкуренция форм мн. числа на -ы (-и) и -а (-я) продолжается уже не одно столетие, формы на -а (-я) появляются у всё большего числа слов, при этом они (как и любые новые варианты) вынуждены преодолевать общественное неприятие. Можно привести такую интересную цитату из справочника 1890 года «Неправильности в современном разговорном, письменном и книжном русском языке», в которой идет речь о вариантах поезды – поезда: «Поезда вместо поезды ныне во всеобщем употреблении, но совершенно неправильно и неизвестно на каком основании». Как мы видим, языковые законы всё же сильнее нормализаторских запретов.

Да, запятая нужна: И, как в лесу, было неуютно и глухо в этой необжитой комнате.

1. Возможны оба варианта. Подробно см. в Письмовнике. 2. Правильно с предлогом.

Обороты с предлогом в качестве обычно не выделяются запятыми, однако они могут обособляться для попутного пояснения, смыслового выделения или подчеркивания их смысла. Окончательное решение о пунктуации принимает автор текста.

Возможно, в исходном тексте - ошибка.

В указанном случае уместны кавычки.

В образцовом литературном языке верно: в Кемерове, в Шереметьеве, в Ленине. В непринужденной устной речи названия допустимо не склонять. Разница между этими названиями и названиями типа Осло, Торонто в том, что Осло и Торонто – названия иноязычные (и они не склоняются), а Кемерово,  Шереметьево, Ленино – названия с нашими исконными, славянскими финалями.

Правильно: Слепой знал, что в комнату смотрит солнце и что если он протянет руку в окно, то с кустов посыплется роса. Не ставится запятая между однородными придаточными предложениями, соединенными неповторяющимся союзом и. Не ставится запятая на стыке союзов что если, т. к. далее следует соотносительное слово то. Ср.: Слепой знал, что в комнату смотрит солнце и что, если он протянет руку в окно, с кустов посыплется роса.