Варианты различаются по значению. Вариант проверка деятельности предприятия в истекшем периоде 2014 года может означать и то, что проверяют деятельность предприятия, относящуюся к данному периоду, и то, что сама проверка проводится именно в этом периоде. Вариант проверка деятельности предприятия за истекший период однозначно указывает на то, что проверяется деятельность предприятия, относящаяся к данному периоду. Поэтому для устранения двусмысленности лучше использовать именно этот вариант.

Корректно использование формы родительного падежа при наличии отрицания: не прошло и двух лет (ср.: прошло два года). Существительное в форме, совпадающей с формой р. п. ед. ч., употребляется при количественном числительном в форме им. п. (а также в. п. в случае с неодушевленными существительными второго склонения). Если же числительное стоит в другой падежной форме, то существительное согласуется с ним во мн. ч.

«Русский орфографический словарь» РАН (под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. 4-е изд., М., 2012) – наиболее полный орфографический словарь современного русского языка. То, что он не входит в список, о котором Вы говорите, не означает, что на этот словарь нельзя ссылаться. Этот странный список, в общем-то, был составлен чиновниками для чиновников («...при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации»).

Словари русского языка не фиксируют какого-либо различия между предлогами до и по при указании временного предела действия. Распространенное мнение, что употребление предлога по будто бы означает 'включительно', словарями не подтверждается. Употребление как предлога до, так и предлога  по не означает включенности даты в указанный период времени, а для устранения неоднозначности рекомендуется использовать слово включительно: до 1 апреля включительно или по 1 апреля включительно.

Поскольку опорное слово в аббревиатуре ФАС (служба) - это существительное женского рода, то и аббревиатура принимает синтаксические свойства существительных женского рода. Грамматически верно: ФАС решила. Следует отметить, что данная грамматическая закономерность может нарушаться, если есть устойчивая, сложившаяся традиция использования аббревиатуры с отступлением от правила. Как мы понимаем, в случае с аббревиатурой ФАС такой традиции (отступления от грамматического правила) не наблюдается. 

Под литературной нормой понимают принятые в общественно-языковой практике образованных людей правила произношения, словоупотребления, использования традиционно сложившихся грамматических, стилистических и других языковых средств. Когда мы говорим: соответствует литературной норме, это означает: соответствует правилам (произношения, правописания и т. п.), соответствует грамматическим законам, действующим в языке, – другими словами, соответствует тому, что исторически сложилось в языке и закреплено (кодифицировано) в словарях, грамматиках, учебных пособиях.

Вопросы, на которые Вы ссылаетесь, касаются разных позиций постановки запятой: в первом из них идет речь о запятой перед проиозводным предлогом начиная с, в втором — о запятой перед союзом и в сочетании и заканчивая. В Вашем предложении также рекомендуем использовать оборот начиная с... и заканчивая...: ...необходимые данные хранятся в разных местах, начиная с корпоративного портала и заканчивая рабочими столами.

Существительное заначка образовано от глагола заначить и обозначает: 1) нечто прибереженное, спрятанное, убранное про запас, то, что может быть использовано, израсходовано в будущем; 2) место, где нечто спрятано, убрано от других, хранится про запас, на будущее. Предложное сочетание в заначке может выражать наречное значение признака (образа, способа) действия, состояния или предмета: хранить в заначке, быть в заначке, деньги в заначке.