Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.
Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.
Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.
Для использования прописной буквы в этом названии оснований нет. Заключить его в кавычки (как сочетание, употребленное в новом терминологическом значении) можно. Кавычки будут уместны в статье для широкого читателя, еще незнакомого с этим явлением. В материалах «для посвященных» кавычки уже избыточны.
Понятие неформальная переписка нуждается в уточнении. В непринужденной дружеской переписке можно как угодно сокращать какие угодно слова (если Вы точно знаете, что адресат Вас поймет). В более строгих формах письменной речи такое сокращение нельзя использовать, т. к. главный принцип всех сокращений: они должны быть понятны читателю. Сокращение п. ч. общепринятым не является, далеко не каждый его поймет.
Слово трудолюбивость нормативными словарями не отмечается, оно употребляется только окказионально, например у А. Белого в книге «Между двух революций»: «...но всем импонировал Ходасевич: умом, вкусом, критическою остротой, источающей уксус и желчь, пониманием Пушкина; трудолюбивостью даже внушал уважение он; и, увы, ― во всех смыслах пошел далеко Ходасевич; капризный, издерганный, самоядущий и загрызающий ум развивался за счет разложения этики».
Это не опечатка. Помуслив – деепричастие от помуслить. Разговорный глагол помуслить ('несколько намуслить, смочить слегка слюной') зафиксирован словарями русского языка, например «Толковым словарем русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (М., 1935–1940). Он встречается в текстах XIX века и первой трети XX века (например, у Алексея Толстого, Максима Горького и др. авторов). В современном русском языке этот глагол малоупотребителен.
Можно ответить так. Дефисное написание нарушает орфографическую норму, т. к. штрихкод – сложносокращенное слово (от штриховой код), а такие слова по правилам русского правописания пишутся слитно. Но слово это не так давно в русском языке, а новые слова нередко испытывают колебания в написании, что фиксируется словарями. Поэтому *штрих-код далеко не такая же орфографическая ошибка, как, например, *лесница или *деревяный.
Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).
Слова обнимашки, целовашки склоняются: обнимашек, целовашек (ср. вкусняшка – вкусняшек). Пожелать кому-либо много обнимашек можно, грамматической ошибки здесь нет, но надо иметь в виду, что эти словечки – обнимашки, целовашки, из той же серии ванильки, мимими (лингвист Максим Кронгауз называет эти языковые явления «новой сентиментальностью», пришедшей на смену «аффтарам» и «падонкам») нравятся далеко не всем, а некоторых носителей языка уже начинают раздражать.