Корректно дефисное написание: недолго-коротко. Ср.: жили-были и т. п.
Верно с тире: штаммы — продуценты ферментов для... (приложение состоит из нескольких слов). Но: штаммы-продуценты (однословное приложение). См. правила координации.
Искусственное составное слово пицца-ролл предпочтительно писать с дефисом, по аналогии с другими составными существительными в русском языке (диван-кровать, кресло-качалка, бал-маскарад).
Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.
Корректно слитное написание: косопараллельность, времяподобный, пространствоподобный.
«Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой дает такое определение слову вилок: 'капуста, начавшая завиваться в кочан, а также (разг.) вообще кочан капусты'. Иными словами, употребление слова вилок в значении 'кочан' возможно в разговорной речи, но вообще у этих слов не одинаковое значение, они обозначают разные стадии «жизни» капусты.
1. Дефис нужен.
2. Лучше: порт USB.
3. Да, дефис нужен.
Конечно, мягкий знак не нужен. Возможно, редактора сбивает с толку тот факт, что это безличный глагол? Но по отношению к безличным глаголам действуют те же правила: мягкий знак пишется в неопределенной форме, отвечающей на вопрос что делать? (нездоровиться), и не пишется в форме, совпадающей с формой 3-го лица ед. числа: кому-либо нездоровится.
Пробел нужно ставить - и между инициалами, и перед фамилией.
Предпочтительно двоеточие, но допустима и запятая.