Корректно оформить предложение так: Персонал цеха перевыполнил задание по сдаче труб: при плане 44 000 тонн выпуск составил 44 467,9 тонн.

Очевидно, исследуемые препараты представляют собой производные лимонной кислоты. Если так, то необходимо тире: Исследования инновационных препаратов — производных лимонной кислоты.

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло. 

Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). Тире в таких предложениях ставится при наличии паузы.

Знаки препинания при сочетании а так, выражающем уступительно-противительные отношения, не кодифицированы. На практике после этого сочетания чаще ставится тире, но возможны и два других указанных Вами варианта.

Слова автора распадаются по смыслу на две части, которые относятся к разным частям прямой речи, поэтому после них ставятся двоеточие и тире: 

— Это возмутительно! — заявил Ветров и, ударив кулаком по столу, раздражённо продолжил: — Я и только я буду решать, на что тратятся деньги, и никто больше!

Обратите внимание, что фразеологизированная синтаксическая конструкция N и только N (в данном случае представленная вариантом я и только я) может оформляться по-разному в зависимости от позиции в предложении и от интонации. В справочниках по пунктуации эта конструкция не упомянута, но практика письма, в частности Национальный корпус русского языка, показывает, что в начале предложения она скорее не требует обособления. Впрочем, возможно и её обособление как присоединительной: Я, и только я, буду решать...

Вы правильно расставили знаки препинания.

Здесь прямая речь внутри слов автора выполняет функцию члена предложения — сказуемого, а потому двоеточие не ставится.

В тексте вставной конструкции сохраняются необходимые для нее запятая, восклицательный и вопросительный знаки, многоточие, двоеточие, а точка переносится за закрывающую скобку: У противоположной стены располагался папин кульман (знаете, что такое кульман? Ушло слово в прошлое).

Знаки препинания расставлены корректно.