Запятая нужна. В данном случае как вы считаете — вводная конструкция, указывающая на источник сообщения. Сравним: Как вы считаете, почему это произошло?; Почему, как вы считаете, это произошло?; Почему это произошло, как вы считаете? Возможность занимать разные позиции в предложении подтверждает вводный характер конструкции.

В рукописи курсив можно заменить подчеркиванием. 

Запятая не нужна.

Выделение пояснительных конструкций запятыми, конечно, корректно, однако в случае, если в состав пояснительной конструкции включена вводная, лучше обозначить границы пояснительной конструкции с помощью тире: ...а Таузенду — алхимику и пророку изящных господ, как зовёт его Вернер Рихтер, — удалось надуть не абы кого, а самого Людендорфа, отставного генерал-квартирмейстера Вильгельма II.

Это не вводная, а вставная конструкция, которая содержит дополнительную информацию. (Вводные конструкции выражают отношение говорящего к сообщаемому или указывают на источник информации.) Вставные конструкции выделяются скобками или парными тире: Однажды (было это в конце мая) мы сидели на крыльце и ожидали ужина; Однажды — было это в конце мая — мы сидели на крыльце и ожидали ужина.

В заголовке из двух самостоятельных, синтаксически не связанных предложений между ними ставят точку, а в конце, по общему правилу, точку опускают. Подобный заголовок рекомендуется разбить на строки так, чтобы точка попадала внутрь строки, а не заканчивала ее.

После подписей на кнопках точку не ставят, как и после заголовков.  

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

В этом предложении есть частица ну и: она употребляется в начале реплики, содержащей вопрос, который вытекает из сказанного собеседником, и часто придаёт вопросу снисходительный оттенок (см. «Большой универсальный словарь русского языка»). Тире после первой части высказывания в таком случае уместно: Ну и как ты думаешь — стал я человеком? Без частицы в предложении содержалась бы вводная конструкция, выделяющаяся запятой: Как ты думаешь, стал я человеком?

Другой способ существует, и он весьма надежен: пользуйтесь словарем!