Верно для большинства случаев: В. П. Иванов (с пробелами между инициалами и перед фамилией).
Запятая нужна. Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения.
Выбор варианта зависит от смысла фразы. Если контролируются (проверяются) знания по технике безопасности, то лучше написать: контроль (проверка) знаний по технике безопасности.
Оба решения не противоречат законам русской грамматики. В данном случае тип склонения вправе выбрать сам носитель фамилии.
Употребление предлога над в этом случае вполне корректно. Сочетание водрузить знамя на Рейхстаг более многозначно, оно допускает разные варианты размещения знамени на здании. Использование предлога над более конкретно определяет место знамени — в высшей точке, над крышей здания.
