Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Можно писать с большой буквы, если автор текста мыслит, что он в каждом экземпляре документа обращается к одному, пускай неконкретному, лицу.

Если при иноязычной фамилии имеются два мужских имени, то она ставится в форме множественного числа: братья Юрий и Лев Мейендорфы. Но при отсутствии имен: братья Мейендорф (при слове братья фамилия обычно ставится в форме единственного числа).

Наречие запоем 'не отрываясь, увлечённо' не имеет других форм, поэтому в нейтральном употреблении такая конструкция невозможна. Но как языковая игра, как шутка, как экспрессия — почему бы и нет?

Правильно слитное написание: непогрешимое ни в чем мнение. Прилагательное непогрешимый не употребляется без не, да и осмысленность выражения непогрешимый ни в чем вызывает большие сомнения. 

Можно. По желанию автора или редактора любая книга может быть напечатана последовательно с буквой Ё (во всех словах, где она встречается).

Обособление не требуется. На месте скобок не нужны никакие знаки препинания.