Фамилия Муха склоняется так же, как и соответствующее нарицательное существительное: Мухи, Мухе, Муху и т. д.

"50 граммов лимона" - такую фразу ни разу не встречали. Можно отрезать ломтик лимона, половину лимона, четверть лимона и т. п.; можно использовать лимонную цедру и лимонный сок - тогда, действительно, речь пойдет о граммах. Но Вы действительно правы в том, что если речь идет о части предмета, то существительное, обозначающее этот предмет, будет использоваться в форме единственного числа. 

Думаем, оптимальный вариант: НАК "Нафтогаз Украины". Нафтогаз - поскольку это собственное наименование, не имеющее аналогов в русском языке (у нас нет слова "нефтегаз").

Женские личные имена Ия, Лия и грузинское мужское имя Гия могут склоняться двояким образом: выдана Ие и выдана Ии, Лие и Лии, Гие и Гии.

Да, эти слова склоняются так же, как существительное чай.

Правильно: кошка предана человеку, человек предан работе.

Ни в коем случае. Это пример так называемой наивной этимологии (примерно так же строит свои «филологические» изыскания господин Задорнов). Конечно же, имя римской богини Весты не имеет к происхождению существительного невеста никакого отношения, хотя это слово и является спорным в этимологическом отношении. Наиболее предпочтительным представляется такое объяснение: слово невеста образовано с помощью приставки не- от той же древней праславянской основы, что и слова весть, ведать, т. е. невеста  буквально 'незнакомая, неизвестная'. Это связано с представлениями о бракосочетании, о невинности, непорочности невесты.

Это слово склоняется так же, как и существительное окно.

В значении "таким же способом" - так же.

Если имеется в виду 'таким же образом, как обычно', то корректно: так же, как обычно.