По правилам запятая между главным и придаточным предложением не ставится, если придаточное предложение состоит из одного только союзного слова (относительного местоимения или наречия). Здесь как раз такой случай: в составе каждого из двух придаточных - только союзное слово.

Не пишется раздельно, потому что в данном случае отрицается понятие, а не создается новое. Мы легко можем подставить слова, усиливающие отрицание: отнюдь не голодна, вовсе не голодна, но совершенно неестественной была бы подстановка слов, подчеркивающих утверждение (очень, крайне, весьма, чрезвычайно, в высшей степени и др.): *она в высшей степени неголодна (?) Это говорит о том, что перед нами отрицание признака, поэтому нужно писать раздельно.

Правильно, как Вы верно указываете, на берегу. В русском языке есть несколько существительных второго склонения с таким окончанием в предложном падеже со значением места. Ср.: о береге - на берегу, о носе - в носу, о саде - в саду. Падеж один и тот же, окончания (в зависимости от значения падежа) - разные.

Оба варианта возможны. Выбор каждого из них может иметь несколько обоснований: смысловых, грамматических, стилистических. Например, ждали некое абстрактное чудо, но его не произошло: чуда не случилось. В другой ситуации не дождались конкретного позитивного результата: чудо не случилось. Гипотетическое рассуждение в рамках «если» допускает, как представляется, абстрактное и конкретное понимание чуда.

В первом предложении запятая нужна: Надо выяснить, чем дело кончилось. Во втором предложении запятая не нужна: Я объяснила почему. Запятая не ставится, если придаточное предложение состоит из одного только союзного слова.

В предложении Летом мы ремонтировали крышу дома слово дома является дополнением. Кто-то, видимо, ошибочно решил, что существительное не может управлять дополнением, а зависимое сущ. при нем всегда является несогласованным определением. На самом деле существительные вполне могут управлять дополнениями; в частности, в данном случае главное слово — крыша — обозначает часть целого, и при таких сущ. регулярно использование в качестве дополнения слова, обозначающего то целое, часть которого названа. Вот, скажем, в словосочетании ограда Летнего сада зависимый компонент действительно является несогласованным определением.

Минимальное вмешательство, которое сделает фразу корректной, состоит в устранении союза а — в этом случае в предложении возникнет двойной союз поскольку... значит. Кроме того, частица ну не требует обособления: Ну поскольку я все равно не помню, куда мне было надо, значит я особо не занята.