Буква ъ пишется при передаче иноязычных собственных имен и производных от них слов (после букв, передающих парные твердые согласные), напр: Кизилъюрт (город в Дагестане), Торъял (поселок в республике Марий Эл), Го Хэнъюй (китайское личное имя), Хэнъян (город в Китае), тазабагъябская культура (археологическая), Ювясъярви (озеро в Финляндии), Манъёсю (антология древнеяпонской поэзии). В этом случае разделительный ъ возможен также и перед буквой и, напр.: Дзюнъитиро (японское имя).
Все перечисленные топонимы имеют финское происхождение. В переводе с финского языка ярви — «озеро». Топонимы с частью -ярви не склоняются. При употреблении этих названий с прилагательными и глаголами в форме прошедшего времени нужно принимать во внимание родовую принадлежность опорного слова. Это может быть существительное город, как в случае с названием Суоярви (карельский Суоярви), или поселок, как в случае с названием Петяярви (излюбленный Петяярви), или иное существительное.
Допустимо не склонять, имея в виду приведенный Вами аргумент.
Если названия совпадают по форме с притяжательными прилагательными, то они склоняются как притяжательные прилагательные: жители Щучьего и Лебяжьего. В ответе на вопрос № 228862 ошибка, исправили.
Постараемся обобщить рекомендации.
Обороты с предлогом «исходя из» обычно выделяются запятыми.
Исходя из прошлого опыта, догадываюсь, что это с плиты свалилась сковорода. В. Токарева, Будет другое лето. Исходя из этого, мы засыпаем в амбар для колхозников две с половиной тысячи центнеров. Б. Можаев, В Солдатове у Лозового. Исходя из цифр переписей, показаний свидетелей и других данных, исследователи находят, что число погибших превышало 7 миллионов человек. А. Кузнецов, Бабий Яр. Исходя из этого, ум служит единственно возможным источником наслаждения. А. Чехов, Палата № 6.
Запятые не требуются, если оборот с предлогом «исходя из» тесно связан по смыслу со сказуемым.
Мы по-прежнему пытались прогнозировать свое и общее будущее исходя из разумных посылок. Е. Гинзбург, Крутой маршрут. Проект разработан исходя из запланированной стоимости.
Обороты со словами «исходя из» не отделяются знаком препинания от предшествующего союза «а», если оборот нельзя изъять из состава предложения или переместить.
Я ведь не по восторженности отпустил тогда Ислам-бека, господин полковник, а исходя из внутренних убеждений и совести своей. Б. Васильев, Были и небыли.
Теперь касательно второго вопроса. Запятые ставить не нужно, поскольку деепричастие выступает в роли обстоятельства образа действия.
Противоречия нет. Приложения – названия городов изменяются по падежам, названия поселков не склоняются.
В подобных случаях запятые нужны: с. Кипарисово, Надеждинского района, Приморского края. Сравним замечание из параграфа 22.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: «К уточняющим обстоятельствам относятся названия районов, областей и т. д., обозначающие местонахождение поселков, деревень и т. д., а также указания в адресах: В деревне Уваровке, Петровского района, Калужской области, состоялся праздник урожая; Посёлок Новые Горки, Щёлковского района, Московской области, находится недалеко от станции Болшево; Москва, улица Плющиха, д. 38, кв. 2».
Правило звучит так (см., напр., словарь В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?»): слова, обозначающие участки течения рек, пишутся со строчной буквы, если не входят в состав сложных собственных названий, напр.: верхняя Припять, нижняя Березина, но: Верхняя Тура, Нижняя Тунгуска (названия рек), Верхний Рейн (название департамента во Франции), Средняя Ахтуба (поселок).
Но при этом словари (в т. ч. упомянутый словарь) фиксируют написание Верхняя Волга, Средняя Волга, Нижняя Волга. Можно предположить, что такое написание обусловлено многолетней традицией употребления.
В русском языке не существует «концепции Розенталя», «концепции Лопатина» и иных «именных» противоборствующих концепций. Есть грамматическая норма, зафиксированная в словарях и справочниках.
Согласно грамматической норме современного русского языка географическое наименование, употребленное с родовыми наименованиями город, село, станция, поселок, река и т. п., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование: на берегу реки Волги, в г. Астрахани. Несклонение топонимов характерно для официально-деловой речи, для канцелярских текстов, но нормативным его считать нельзя.