«Поверил Я алгеброй гармонию»... Именно эти строки напомнил Ваш вопрос. Как известно, пьеса «Моцарт и Сальери» была опубликована в альманахе «Северные цветы на 1832 год». В первом издании фрагмент был представлен в такой графической версии:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила

   И въ голову пришли мнѣ двѣ, три мысли.

В 1838 году вышел в свет первый том полного (посмертного) собрания сочинений А. С. Пушкина, и в нем фрагмент сцены был представлен в измененном виде:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила,

   И въ голову пришли мнѣ двѣ - три мысли. 

Без сомнения, вопрос о причинах пунктуационных изменений — это прежде всего вопрос к издателям. Как можно полагать, пушкинисты-текстологи знают ответ на этот вопрос. Нам же очевидно, что, вне зависимости от того, как был представлен фрагмент в последующих изданиях, пунктуационные нормы, зафиксированные в справочной литературе ХХ века, не могли быть учтены в веке девятнадцатом. 

Запятая обычно ставится перед всем союзом тем более что.

Структурный параллелизм предложений говорит в пользу постановки тире перед не просто и не только. Обратим внимание, что предложения требуют редактирования. Так, слово ночь не является временем суток, а обозначает его, а термин олицетворение применяется к образам живых существ, к которым ночь (ни слово, ни явление) не относится.

Корректно: С раннего утра шёл дождь и дул холодный, пронизывающий насквозь ветер.

Верно раздельное написание: с утра.

Между частями сложного бессоюзного предложения лучше поставить тире, так как вторая часть противопоставляется по смыслу первой.

Если пробежек несколько, то уместна форма множественного числа существительного пробежка. Если каждое утро совершается одна пробежка, то сообщить об этом следует при помощи формы единственного числа.

Название должности директор пишется строчными (в том числе в тексте договора).