В конце фразы после закрывающих цитату (или прямую речь) кавычек:

а) ставят точку, если перед закрывающими кавычками нет никаких знаков. Если непосредственно за цитатой следует ссылка на источник, то точка переносится за ссылку:
 

Б. Л. Пастернак подчеркивал: «Самое ясное, запоминающееся и важное в искусстве есть его возникновенье, и лучшие произведенья мира, повествуя о наиразличнейшем, на самом деле рассказывают о своем рожденьи» (Пастернак 2000, 207).

Внимание! Точка всегда ставится после закрывающих кавычек, но не перед ними. Многоточие, вопросительный и восклицательный знак ставятся перед закрывающими кавычками.

б) ставят точку, если цитата не является самостоятельным предложением, а выступает как часть придаточного (даже если перед закрывающими кавычками стоит многоточие, вопросительный или восклицательный знак):

Б. Л. Пастернак подчеркивал, что «самое ясное, запоминающееся и важное в искусстве есть его возникновенье...».

в) не ставят никаких знаков, если перед закрывающими кавычками стоит многоточие, вопросительный или восклицательный знак, а заключенная в кавычки цитата является самостоятельным предложением (таковы, как правило, все цитаты после двоеточия, отделяющего их от предшествующих им слов цитирующего): 

Глава заканчивается словами: «Прощай, философия, прощай, молодость, прощай, Германия!»

См.: 76">http://www.gramota.ru/spravka/letters/?rub=rubric76

Тем не менее не требует выделения.

Предпочтительно: не хочу пирожков, колючек. Но: не хочу эти пирожки.

Запятая не ставится.

Слова "тем не менее" не используются как вводные.

ТЕМ НЕ МЕНЕЕ, частица и союз

1. Частица (часто в сочетании с противительными союзами «а», «но», а также в предложениях с союзами «хотя», «несмотря на то что», «пусть» и др.). Не требует постановки знаков препинания. 

Мюллер долго наблюдал за тем, как медленно, еле заметно, но тем не менее неуклонно лучи двигались по комнате. Ю. Семенов, Экспансия-I. Несмотря на то, что Ягозин был кровным детищем Петербурга… он весь тем не менее состоял из одной быстроты и юркости. Д. Григорович, Карьерист.

2. Союз (между частями сложносочиненного предложения). То же, что «но, однако». 

…Это были все-таки карты, несколько захватанные, затертые пальцами по краям, тем не менее невозможно было представить, что в них играли за столом... Ю. Бондарев, Горячий снег.

Как правило, слова тем не менее не выделяются.